Mathias Spahlinger wurde 1944 in Frankfurt a.M. geboren, absolvierte zunächst eine Schriftsetzerlehre und studierte dann Klavier und bei Konrad Lechner Komposition an der Städtischen Akademie für Tonkunst in Darmstadt. Zwischen 1973 und 1977 setzte er seine Kompositionsstudien an der Stuttgarter Musikhochschule fort, außerdem war er als Lehrer für Klavier und musikalische Früherziehung an der Stuttgarter Musikschule tätig. Von 1978 bis 1981 war Spahlinger Gastdozent an der Hochschule der Künste Berlin, ab 1982 Lehrbeauftragter, dann Professor für Komposition und Musiktheorie an der Musikhochschule Karlsruhe. Seit 1990 lehrt er als Professor für Komposition an der Freiburger Musikhochschule, wo er auch das Institut für Neue Musik leitet.